Kľúčový rozdiel medzi lineárnymi a rotačnými molekulárnymi motormi je hlavne na základe pohybu komplexov, ktoré tvoria motorový proteín. Zatiaľ čo lineárne molekulárne motory vykazujú jednosmerný lineárny pohyb medzi komplexmi, rotačné molekulárne motory vykazujú rotačné pohyby okolo rôznych komplexov tvoriacich molekulárny motor.
Molekulárne motory sú dôležité biomolekuly, ktoré sa podieľajú na mnohých reakciách, najmä spojených s tvorbou energie v podobe adenozíntrifosfátu (ATP). Hrajú rozhodujúcu úlohu pri pohybe alebo mechanických prácach. Motorické proteíny využívajú na výrobu mechanickej sily voľnú energiu z ATP alebo hydrolýzu nukleotid trifosfátu. Existujú dva typy molekulárnych motorov ako lineárne molekulárne motory a rotačné molekulárne motory. Predstavujú dva režimy prevádzky motora.
