Kľúčovým rozdielom medzi párovaním báz Watson a Crick a Hoogsteen je, že párovanie báz Watson a Crick je štandardným spôsobom, ktorý popisuje tvorbu párov báz medzi purínmi a pyrimidínmi. Medzitým je Hoogsteenovo párovanie báz alternatívnym spôsobom vytvárania párov báz, pri ktorých purín získava odlišnú konformáciu, pokiaľ ide o pyrimidín.
Nukleotid má tri zložky: dusíkatú bázu, pentózový cukor a fosfátovú skupinu. Existuje päť rôznych dusíkatých báz a dva pentózové cukry zapojené do štruktúry DNA a RNA. Keď tieto nukleotidy tvoria nukleotidovú sekvenciu, komplementárne bázy, buď puríny alebo pyrimidíny, vytvárajú medzi sebou vodíkové väzby. Toto sa nazýva párovanie báz. Preto sa bázový pár vytvára spojením dvoch dusíkatých báz vodíkovými väzbami. Watsonovo a Crickovo párovanie báz je klasický alebo štandardný prístup, zatiaľ čo párovanie báz Hoogsteen je alternatívnym spôsobom formovania párov báz.
