Kľúčový rozdiel medzi primárnymi a sekundárnymi metabolitmi je v tom, že primárne metabolity sú konečné produkty metabolizmu, ktoré sa priamo podieľajú na normálnom raste, vývoji a reprodukcii organizmu, zatiaľ čo sekundárne metabolity sú metabolity, ktoré sa priamo nezúčastňujú na normálnom raste, vývoji a reprodukcii organizmus.
Metabolity sa podieľajú na raste organizmov procesom metabolizmu. Metabolizmus je súhrn všetkých biochemických reakcií prebiehajúcich v organizme. Existujú dve hlavné kategórie metabolitov v závislosti od pôvodu a funkcie. Sú to primárne metabolity a sekundárne metabolity.
