Kľúčovým rozdielom medzi endosymbiózou a symbiózou je, že endosymbióza je teória, ktorá popisuje, ako sa mitochondrie a chloroplasty dostali do eukaryotických buniek, zatiaľ čo symbióza je dlhodobá interakcia medzi dvoma rôznymi živými druhmi.
Organizmy v ekosystéme navzájom interagujú rôznymi spôsobmi. Symbióza je interakcia, ktorá existuje medzi dvoma rôznymi druhmi žijúcimi spolu. Niektoré interakcie sú prospešné pre obe strany, zatiaľ čo niektoré interakcie zostávajú neutrálne. Niektoré ďalšie interakcie sú však škodlivé pre jednu stranu, najmä pre hostiteľský organizmus, zatiaľ čo druhá strana získava výhody na náklady hostiteľa. Môžeme vidieť všetky tieto typy interakcií v ekosystéme. Tieto druhy interakcií sú však nevyhnutné pre stabilitu ekosystému. Endosymbióza je na druhej strane teória, ktorá vysvetľuje pôvod eukaryotickej bunky z prokaryotickej bunky.
