Kľúčovým rozdielom medzi endosymbiózou a invagináciou je, že endosymbióza je teória, ktorá vysvetľuje pôvod mitochondrií a chloroplastov vo vnútri eukaryotickej bunky, zatiaľ čo invaginácia je proces, ktorý vysvetľuje pôvod jadra a ďalších bunkových organel tvorbou invaginácie z plazmy. membrány do vnútra bunky.
Vedci sa domnievajú, že eukaryotické bunky sa vyvinuli z prokaryotických buniek. Vyvinuli veľa teórií, aby vysvetlili, ako k tomuto vývoju došlo. Endosymbióza je jednou z takých teórií, ktorá vysvetľuje pôvod mitochondrií a chloroplastov vo vnútri eukaryotických buniek z prokaryotických baktérií. Zatiaľ čo invaginácia je proces, ktorý vysvetľuje pôvod jadra a ďalších organel viazaných na membránu vo vnútri eukaryotickej bunky.
