Kľúčovým rozdielom medzi pepsínom a proteázou je, že pepsín je jedným typom proteázy, zatiaľ čo proteáza je enzým, ktorý štiepi proteín na aminokyseliny.
Bielkoviny sú dôležité makromolekuly vyrobené z rôznych aminokyselín. Aminokyseliny sú stavebnými jednotkami bielkovín a amidovými väzbami polymerizujú na bielkoviny. Niektoré enzýmy môžu štiepiť proteíny na aminokyseliny a sú známe ako proteázy. Existujú rôzne typy proteáz, ktoré sa líšia podľa mechanizmu hydrolýzy. Jedným z nich je napríklad pepsín, čo je žalúdočná proteáza.
