Kľúčový rozdiel medzi knock-inom a knockoutom závisí od metódy použitej na vytvorenie transgénneho organizmu. Pri knock-in géne dochádza k inzercii nového génu, zatiaľ čo pri knock-out géne dochádza k odstráneniu existujúceho génu, aby sa vytvoril transgénny organizmus.
Transgénne organizmy sú organizmy so zmenenou genetickou konštitúciou. „Rekombinantné organizmy“sú pre nich synonymom. Vo väčšine prípadov obsahujú transgénne organizmy prospešné vlastnosti. Pri vytváraní transgénnych organizmov sa terčom stanú gény. Podľa potreby je možné zaviesť alebo odstrániť gén. Génový knock-in označuje zavedenie nového génu, zatiaľ čo génový knockout označuje odstránenie génu.
