Kľúčovým rozdielom medzi GMO a transgénnym organizmom je, že GMO je organizmus, ktorý má umelo zmenený genóm, zatiaľ čo transgénny organizmus je GMO, ktorý má zmenený genóm obsahujúci sekvenciu DNA alebo gén z rôznych druhov.
Geneticky modifikovaný organizmus (GMO) a transgénny organizmus sú dva pojmy, ktoré používame zameniteľné. Oba typy organizmov majú zmenený genóm, ktorý bol umelo upravený. Medzi GMO a transgénnym organizmom však existuje mierny rozdiel. Aj keď majú oba zmenené genómy, transgénnym organizmom je GMO obsahujúci sekvenciu DNA alebo gén z iného druhu. Všetky transgénne organizmy sú teda GMO, ale nie všetky GMO sú transgénne.