Kľúčový rozdiel medzi opsonizáciou a neutralizáciou závisí od spôsobu, akým vykonávajú imunologickú odpoveď. Pri opsonizácii sú patogény označené pred zničením, zatiaľ čo pri neutralizácii je účinok patogénu neutralizovaný.
Imunologické odpovede môžu byť vrodené alebo adaptívne. Patogény obsahujú receptory na rozpoznávanie patogénov, ktoré uľahčujú identifikáciu hostiteľa. Pri opsonizácii hostiteľ produkuje opsoníny. Pri neutralizácii však hostiteľ produkuje neutralizačné protilátky, aby neutralizoval účinok reakcie protilátka-antigén.
