Kľúčovým rozdielom medzi chimérou a mozaikou je počet zygotov podieľajúcich sa na formovaní každého organizmu. Rôzne bunkové populácie pochádzajú z dvoch zygotov v chimére, zatiaľ čo rôzne bunkové populácie pochádzajú z jednej zygoty v mozaike.
Chiméra a mozaika boli pôvodne mýtické koncepty genetickej kombinácie. Avšak s pokrokom v genetike a molekulárnej biológii je teraz možné vedecky vysvetliť javy chimerizmu a mozaiky. V chimerizme aj v mozaicizme nesú niektoré bunky tela iný genóm. To isté tkanivo teda môže obsahovať dve alebo viac rôznych bunkových populácií. Ďalej sa dva zygoty podieľajú na tvorbe embrya, ktoré sa vyvinie do chiméry, zatiaľ čo jedna zygota sa podieľa na tvorbe embrya, ktoré sa vyvinie do mozaiky. Mutácia v počiatočnom vývoji je dôvodom mozaicizmu, zatiaľ čo zapojenie dvoch rôznych zygotov je dôvodom chimerizmu.
