Kľúčovým rozdielom medzi mikrospórami a peľovými zrnami je, že mikrospóry sú malé spóry, ktoré sa v rastlinách vyvinú do mužského gametofytu, zatiaľ čo peľové zrno je malé zrno, ktoré obsahuje mužský gametofyt.
Rozmnožovanie rastlín prebieha sexuálne aj asexuálne, pričom sa ukazuje striedanie generácií. Existujú dve generácie známe ako sporofytická generácia a gametofytická generácia. Mikrospory a peľové zrno sú dve štruktúry, ktoré sa vyvíjajú počas týchto dvoch generácií. Mikrospóra je štruktúra sporofytickej generácie, zatiaľ čo peľové zrno je štruktúra gametofytickej generácie. Mikroskop tiež nie je gametofyt, zatiaľ čo peľové zrno je gametofyt.
