Kľúčovým rozdielom medzi Krebsovým cyklom a glykolýzou je, že Krebsov cyklus, ktorý prebieha v mitochondriách, je druhým stupňom bunkového dýchania, zatiaľ čo glykolýza, ktorá prebieha v cytoplazme, je prvým stupňom bunkového dýchania.
Krebsov cyklus a glykolýza sú dva hlavné stupne bunkového dýchania, ktoré produkuje energiu v bunkách. Oba procesy sa vyskytujú v rôznych bunkových polohách. Okrem toho používajú rôzne enzymatické reakcie na premenu rôznych východiskových látok na rôzne produkty. Ďalej tieto dva procesy vytvárajú odlišné množstvá ATP. Pri aeróbnom dýchaní nasleduje Krebsov cyklus po glykolýze. Ale pri anaeróbnom dýchaní glykolýza prebieha sama.
