Kľúčovým rozdielom medzi ovariálnym cyklom a menštruačným cyklom je to, že ovariálny cyklus je cyklus, ktorý sa deje vo vaječníkoch, zatiaľ čo menštruačný cyklus je cyklus, ktorý sa deje v maternici spojenej so stenou maternice.
Ovariálny cyklus a menštruačný cyklus sú dva cykly, ktoré sa vyskytujú u žien. Tieto dva cykly pripravujú ženu na počatie a narodenie potomka a na matku. Oba cykly sa vyskytujú v ženskom reprodukčnom systéme. Ide teda o cykly reagujúce na hormóny. Ženy podstupujú tieto dva cykly od puberty po menopauzu. Séria udalostí sa odohráva počas týchto dvoch cyklov a sú riadené hlavne hormónmi. Keď dôjde k tehotenstvu, obidva cykly sa zastaví, a to sa deje pomocou hormónu nazývaného ľudský choriový gonadotropín (hCG).
