Kľúčový rozdiel medzi cis cyklohexánom a transcyklohexánom spočíva v tom, že cis cyklohexán má svoje substituenty smerujúce do rovnakej roviny kruhu, zatiaľ čo transcyklohexán má substituenty smerujúce do opačných rovín.
Cyklohexán je cykloalkán, v ktorom je v konformácii stoličky šesťčlenný uhlíkový kruh. V konformácii stoličky má táto zlúčenina najmenšie namáhanie uhla; je teda stabilnejšia ako iné možné konformácie. Navyše v tejto konformácii je polovica atómov vodíka pripojených k atómom uhlíka v rovine kruhu. Hovoríme tomu ako rovníkové umiestnenie. Druhá polovica je umiestnená kolmo na rovinu prstenca. Hovoríme tomu axiálne polohovanie. Keď sú v cyklohexáne dva alebo viac substituentov, môžeme pozorovať cis a trans izomériu sledovaním, či sú substituenty v ekvatoriálnej polohe alebo v axiálnej polohe.
