Kľúčový rozdiel medzi cis a trans-mastnými kyselinami je v tom, že cis mastné kyseliny majú dva atómy vodíka pripojené k dvojnej väzbe na tej istej strane uhlíkového reťazca, zatiaľ čo trans-mastné kyseliny majú dva atómy vodíka naviazané k dvojnej väzbe naopak strany uhlíkového reťazca.
Mastné kyseliny sú karboxylové kyseliny obsahujúce dlhé alifatické uhlíkové reťazce, ktoré sú nasýtené alebo nenasýtené. To znamená, že alifatický reťazec môže alebo nemusí obsahovať dvojité väzby medzi atómami uhlíka. Cis a trans mastné kyseliny sú dve formy nenasýtených mastných kyselín.
