Kľúčový rozdiel medzi mezodermom a mezenchýmom je v tom, že mezoderm je jednou z troch zárodočných vrstiev dvojstranne symetrických zvierat, zatiaľ čo mezenchým je nediferencované tkanivo nachádzajúce sa v skutočnom mezoderme.
U diploblastických zvierat je plán tela relatívne jednoduchý s dvoma vrstvami buniek. Dve vrstvy sú vonkajšia ektoderma a vnútorná endoderma. Bunky ektodermy smerujú k prostrediu a bunky endodermu smerujú k enterónu, čo je dutina s jediným otvorom smerom von. Otvorom sú ústa. Triploblastický stav je navyše stav, pri ktorom sa v embryu vyvíja tretia vrstva známa ako mezoderm. Mesoderm leží medzi ektodermom a endodermom a oddeľuje dve vrstvy buniek. Tretia vrstva je pre telo dôležitá. U určitých zvierat zostáva veľká časť mezodermu nediferencovaná a vytvára výplňové tkanivo známe ako mezenchým, ktoré podporuje a chráni orgány tela.
