Kľúčovým rozdielom medzi transformáciou a transdukciou je, že transformácia je mechanizmus, ktorý mení genetický materiál baktérií priamym príjmom exogénneho genetického materiálu z jeho okolia cez bunkovú membránu a jeho zabudovaním do genómu, zatiaľ čo transdukciou je vstrekovanie cudzej DNA bakteriofágový vírus do hostiteľskej baktérie.
Konjugácia je dobre známa metóda rekombinácie DNA, ktorú možno nájsť tak u eukaryotov, ako aj u prokaryotov. Vedci zistili, že je možné prenášať DNA z jednej bakteriálnej bunky do druhej pomocou ďalších dvoch mechanizmov: transformácie a transdukcie. Podobne ako pri konjugácii, tieto dva mechanizmy prenášajú DNA jedným smerom a medzi alelami v homológnych oblastiach DNA dochádza k rekombinácii. Oba mechanizmy prenášajú veľmi malé množstvo DNA a neprenášajú celý bunkový chromozóm.
