Kľúčovým rozdielom medzi chemotaxiou a fagocytózou je, že chemotaxia je riadená migrácia buniek alebo organizmu pozdĺž gradientu chemickej koncentrácie, zatiaľ čo fagocytóza je mechanizmus, ktorý pohlcuje cudzie infekčné častice s cieľom ich neutralizácie alebo zničenia.
Leukocyty sú dôležité bunky imunitného systému. Sú to biele krvinky. Niektoré leukocyty sú fagocyty. Fagocyty používajú fagocytózu na pohltenie cudzích častíc. Monocyty, neutrofily a makrofágy sú niektoré príklady fagocytov. Na dosiahnutie antigénov alebo cudzích častíc používajú fagocyty chemotaxiu. Chemotaxia je pohyb buniek alebo organizmov smerom k chemickým stimulom alebo od nich. Ďalej sa fagocyty a imunitné bunky mobilizujú do miesta infekcie, poranenia tkaniva a imunitných reakcií prostredníctvom chemotaxie.