Kľúčovým rozdielom medzi endocytózou a fagocytózou je, že endocytóza je proces prijímania látky do bunky tvorbou vezikúl bunkovej membrány, zatiaľ čo fagocytóza je proces prijímania veľkej pevnej látky do bunky tvorbou fagozómov.
Endocytóza a fagocytóza sú dva transportné mechanizmy, ktoré prijímajú materiály do bunky. Endocytóza je rozdelená do troch kategórií. Medzi nimi sú fagocytóza a pinocytóza dva najbežnejšie typy. Fagocytóza je navyše formou endocytózy. Počas oboch mechanizmov sa materiály prijímajú vo vnútri vezikúl. Medzi tieto materiály patria bunkové zvyšky, enzýmy, mŕtve bunky, patogény, hormóny, živiny atď. Opačným mechanizmom endocytózy je exocytóza, ktorá spočíva v odstránení materiálu z bunky uzavretej vo vezikulách.
