Kľúčový rozdiel medzi endocytózou a exocytózou spočíva v tom, že endocytóza privádza látky do bunky, zatiaľ čo exocytóza transportuje látky von z bunky.
Bunka má bunkovú membránu, ktorá slúži ako bariéra medzi vnútrom bunky a vonkajším prostredím. Preto bunky, ktoré majú takúto membránu, potrebujú nejaký druh transportného mechanizmu na spojenie s vonkajším prostredím. Bunky napríklad potrebujú získavať živiny a vylučovať z nich odpad. Na tento účel majú bunky štyri základné mechanizmy transportu: difúziu, osmózu, aktívny transport a hromadný transport. Difúzia a osmóza sú pasívne procesy, zatiaľ čo aktívny transport a hromadný transport sú aktívne procesy, ktoré spotrebúvajú energiu. Endocytóza a exocytóza sú dva typy mechanizmov hromadnej dopravy, ktoré prenášajú veľké častice cez plazmatickú membránu, a to buď z bunky do vonkajšieho prostredia, alebo z vonkajšieho prostredia do bunky. Oba tieto mechanizmy tvoria membránovo viazané vezikuly ako dopravný prostriedok.
