Kľúčový rozdiel medzi regulačným a represorovým proteínom je v tom, že regulačný proteín môže podporovať alebo inhibovať transkripciu génov. Medzitým represorový proteín inhibuje expresiu jedného alebo viacerých génov.
Predtým, ako sa dostaneme ďalej do diskusie o rozdieloch medzi regulačným a represorovým proteínom, poďme si v krátkosti predstaviť génovú reguláciu. Gén je špecifická nukleotidová sekvencia, v ktorej je skrytá genetická informácia za účelom syntézy proteínu. Génová expresia môže byť regulovaná rôznymi spôsobmi. Pomocou rôznych mechanizmov bunky riadia expresiu génov a ich úrovne expresie. Regulácia génov sa spravidla vyskytuje na úrovni transkripcie. Regulačný proteín a represorový proteín sú dva typy proteínov, ktoré sa podieľajú na génovej regulácii na úrovni transkripcie. Tieto regulačné proteíny a represorové proteíny sa viažu na špecifickú sekvenciu v blízkosti génu a ovplyvňujú transkripciu génu.