Kľúčovým rozdielom medzi koenzýmom a kofaktorom je, že koenzýmy sú organické molekuly, zatiaľ čo kofaktory môžu byť buď organické alebo anorganické molekuly.
Enzýmy sú základné biologické makromolekuly. Sú to biologické katalyzátory, ktoré zvyšujú rýchlosť biologických reakcií za veľmi miernych podmienok. Okrem toho sú enzýmy bielkoviny; teda keď sú vystavené vysokej úrovni tepla, koncentráciám solí, mechanickým silám, organickým rozpúšťadlám a koncentrovaným roztokom kyselín alebo zásad, majú tendenciu denaturovať. Niekedy enzýmy potrebujú podporu inej molekuly alebo iónu, aby mali špecifickú funkciu. Koenzýmy a kofaktory sú také molekuly.
