Kľúčovým rozdielom medzi kolonizáciou a infekciou je, že kolonizácia je proces usadenia sa mikróbu v telesných tkanivách, zatiaľ čo infekcia je proces napadnutia telesných tkanív mikróbom, ktorý spôsobuje príznaky choroby.
Patogenita mikróbov je úplný biochemický a štrukturálny proces, ktorý je definovaný úplným mechanizmom, ktorým mikroorganizmus spôsobuje chorobu. Patogenita baktérií môže byť napríklad spojená s rôznymi zložkami bakteriálnej bunky, ako sú tobolky, fimbrie, lipopolysacharidy (LPS) a ďalšie zložky bunkovej steny. Môžeme ho tiež spojiť s aktívnym vylučovaním látok, ktoré poškodzujú tkanivá hostiteľa alebo chránia baktérie pred obranou hostiteľa. Kolonizácia a infekcia sú dva pojmy v mikrobiálnej patogenicite. Prvým stupňom mikrobiálnej patogenity je kolonizácia. Je známe ako správne založenie patogénu v hostiteľských tkanivách. Naopak, infekcia je invázia patogénu do telesných tkanív, ktorá spôsobuje ochorenie.
