Kľúčový rozdiel medzi DNA vakcínou a rekombinantnou vakcínou spočíva v príprave vakcín. Príprava DNA vakcíny sa uskutočňuje pomocou požadovaných génov alebo fragmentov DNA, zatiaľ čo príprava rekombinantnej vakcíny sa uskutočňuje pomocou rekombinantnej molekuly alebo vektora obsahujúceho požadovaný fragment génu.
Očkovanie sa môže použiť ako profylaktická liečba aj ako terapeutický prostriedok proti infekcii. Existuje mnoho foriem očkovania. DNA a rekombinantné vakcíny sú najnovšie formy. Tieto vakcíny sú navyše stále predmetom výskumu.