Kľúčový rozdiel medzi génovou amplifikáciou a klonovaním génu spočíva v tom, že génová amplifikácia je proces vytvárania mnohých kópií požadovaného génu in vitro polymerázovou reťazovou reakciou. Génové klonovanie je ale proces výroby mnohých kópií požadovaného génu in vivo tak, že sa vytvorí rekombinantný plazmid a transformuje sa na hostiteľskú baktériu.
Gén je špecifický fragment DNA, ktorý kóduje proteín. Organizmus vlastní tisíce génov. Okrem toho je možné množiť sekvencie DNA dôležitých génov pomocou molekulárno-biologických techník. Génová amplifikácia a klonovanie génov sú dva také postupy. Oba postupy produkujú veľa kópií požadovaného génu. Existuje však rozdiel medzi génovou amplifikáciou a génovým klonovaním z hľadiska ich metodológie.
