Kľúčovým rozdielom medzi súborovým systémom a databázou je, že súborový systém spravuje iba fyzický prístup, zatiaľ čo databáza spravuje fyzický aj logický prístup k údajom.
Databáza a súborový systém sú dve metódy, ktoré pomáhajú ukladať, načítať, spravovať a manipulovať s údajmi. Oba systémy umožňujú používateľovi pracovať s údajmi podobne. Súborový systém je kolekcia súborov nespracovaných údajov uložených na pevnom disku, zatiaľ čo databáza je určená na ľahkú organizáciu, ukladanie a načítanie veľkého množstva údajov. Inými slovami, databáza obsahuje zväzok organizovaných údajov typicky v digitálnej podobe pre jedného alebo viacerých používateľov. Skratka z databázy je DB. Je možné klasifikovať DB podľa ich obsahu, ako je dokumentovo-textový, bibliografický a štatistický. Je dôležité si uvedomiť, že aj v databáze sú dáta nakoniec alebo fyzicky uložené v niektorých súboroch.
