Kľúčový rozdiel - Alfa Helix vs. Beta skladaný list
Alfa helixy a beta skladané listy sú dve najčastejšie sa vyskytujúce sekundárne štruktúry v polypeptidovom reťazci. Tieto dve štruktúrne zložky sú prvými hlavnými krokmi v procese skladania polypeptidového reťazca. Kľúčový rozdiel medzi Alpha Helix a Beta skladaný list je v ich štruktúre; majú dva rôzne tvary na vykonanie konkrétnej práce.
Čo je Alpha Helix?
Alfa skrutkovica je pravotočivá špirála aminokyselinových zvyškov na polypeptidovom reťazci. Rozsah aminokyselinových zvyškov sa môže meniť od 4 do 40 zvyškov. Vodíkové väzby vytvorené medzi kyslíkom skupiny C = O na hornej cievke a vodíkom skupiny NH spodnej cievky pomáhajú držať cievku pohromade. Vyššie uvedeným spôsobom sa vytvorí vodíková väzba na každé štyri aminokyselinové zvyšky v reťazci. Tento jednotný vzor mu dáva určité vlastnosti, ako je hrúbka cievky, a určuje dĺžku každého úplného otočenia pozdĺž osi špirály. Stabilita štruktúry alfa helixu závisí od niekoľkých faktorov.
O atómy v červenej farbe, N atómy v modrej farbe a vodíkové väzby ako zelené bodkované čiary
Čo je Beta skladaný list?
Skladaný plát beta, tiež známy ako plát beta, sa považuje za druhú formu sekundárnej štruktúry v proteínoch. Obsahuje beta vlákna, ktoré sú bočne spojené minimálne dvoma alebo tromi hlavnými vodíkovými väzbami a vytvárajú skrútený skladaný plát, ako je to znázornené na obrázku. Beta reťazec je úsek polypeptidového reťazca; jeho dĺžka je všeobecne rovná 3 až 10 aminokyselinám, vrátane chrbtovej kosti v rozšírenom potvrdení.
Štvorvláknový antiparalelný p listový fragment z kryštalickej štruktúry enzýmu kataláza.
a) ukazovanie antiparalelných vodíkových väzieb (bodkovaných) medzi peptidovými NH a CO skupinami na susedných vláknach. Šípky označujú smer reťazca a obrysy elektrónovej hustoty ohraničujú atómy iné ako H. O atómy sú červené guľôčky, N atómy sú modré a atómy H sú pre jednoduchosť vynechané; bočné reťazce sa zobrazujú iba k prvému atómu C bočného reťazca (zelený)
b) Pohľad zboku na centrálne dva β reťazce
V beta skladaných listoch prebiehajú polypeptidové reťazce vedľa seba. Názov „skladaný list“dostáva vďaka vlnovitému vzhľadu štruktúry. Sú navzájom spojené vodíkovými väzbami. Táto štruktúra umožňuje vytvárať viac vodíkových väzieb natiahnutím polypeptidového reťazca.
Aký je rozdiel medzi Alpha Helix a Beta skladaný list?
Štruktúra alfa helixu a beta skladaného listu
Alpha Helix:
V tejto štruktúre je hlavný reťazec polypeptidu pevne zviazaný okolo imaginárnej osi ako špirálová štruktúra. Je tiež známe ako helikoidné usporiadanie peptidového reťazca.
K vytvoreniu štruktúry alfa helixu dochádza, keď sú polypeptidové reťazce stočené do špirály. To umožňuje všetkým aminokyselinám v reťazci navzájom vytvárať vodíkové väzby (väzba medzi molekulou kyslíka a molekulou vodíka). Vodíkové väzby umožňujú špirále držať špirálovitý tvar a vytvára pevnú špirálu. Vďaka tomuto špirálovitému tvaru je alfa skrutkovica veľmi silná.
Vodíkové väzby sú označené žltými bodkami.
Skladaný hárok Beta:
Keď sa dva alebo viac fragmentov polypeptidového reťazca (reťazcov) navzájom prekrývajú a vytvárajú medzi sebou rad vodíkových väzieb, možno nájsť nasledujúce štruktúry. Môže sa to stať dvoma spôsobmi; paralelné usporiadanie a antiparalelné usporiadanie.
Príklady štruktúry:
Alfa skrutkovica: Ako príklad štruktúry alfa skrutkovice je možné vziať nechty na rukách alebo nohách.
Skladaný hárok Beta: Štruktúra peria je podobná štruktúre skladaného hárku beta.
Vlastnosti štruktúry:
Alpha Helix: V štruktúre alfa helixu je 3,6 aminokyseliny na jedno otočenie helixu. Všetky peptidové väzby sú trans a planárne a skupiny NH v peptidových väzbách smerujú rovnakým smerom, ktorý je približne rovnobežný s osou skrutkovice. Skupiny C = O všetkých peptidových väzieb smerujú opačným smerom a sú rovnobežné s osou skrutkovice. C = O skupina každej peptidovej väzby je naviazaná na NH skupinu peptidovej väzby a vytvára vodíkovú väzbu. Všetky skupiny R sú smerované smerom von od špirály.
Skladaný hárok Beta: Každá peptidová väzba v zloženom hárku beta je plochá a má transkonformáciu. C = O a NH skupiny peptidových väzieb zo susedných reťazcov sú v rovnakej rovine a smerujú k sebe navzájom a vytvárajú medzi sebou vodíkovú väzbu. Všetky skupiny R- v ktoromkoľvek reťazci sa môžu alternatívne vyskytovať nad a pod rovinou listu.
Definície:
Sekundárna štruktúra: Je to tvar skladacieho proteínu v dôsledku vodíkovej väzby medzi jeho hlavnými amidovými a karbonylovými skupinami.
