Kľúčový rozdiel medzi alfa a beta helixom závisí od typu vodíkovej väzby, ktorú tvoria pri vývoji týchto štruktúr. Alfa helixy vytvárajú intra-molekulárne vodíkové väzby, zatiaľ čo beta helixy vytvárajú medzimolekulárne vodíkové väzby.
Komplexné proteíny majú štyri štrukturálne organizačné úrovne - primárnu, sekundárnu, terciárnu a kvartérnu. Sekundárne štruktúry proteínov tvoria peptidové reťazce v rôznych orientáciách. Peptidové reťazce pozostávajú z aminokyselinových sekvencií viazaných peptidovými väzbami. Preto existujú v proteínoch dve hlavné sekundárne štruktúry ako alfa helix a beta helix. Okrem toho existujú aj ďalšie sekundárne štruktúry, ktoré sa nazývajú beta zatáčkové a vlásenkové štruktúry. Tento článok sa zameriava hlavne na rozdiel medzi špirálou alfa a beta.
