Kľúčovým rozdielom medzi UPGMA a susedným stromom je typ fylogenetického stromu, ktorý je výsledkom každej metódy. UPGMA je technika konštrukcie zakoreneného fylogenetického stromu, zatiaľ čo susedný spojovací strom je technika konštrukcie nezakoreneného fylogenetického stromu.
Fylogenetické stromy sú stromovité diagramy, ktoré ukazujú vývojové vzťahy medzi organizmami. Fylogenetický strom môže mať rôzne topológie v závislosti od techniky použitej na stavbu stromu. UPGMA a strom spájajúci suseda sú dve hlavné metódy, ktoré vytvárajú fylogenetické stromy.
