Kľúčovým rozdielom medzi klonovacím vektorom a expresným vektorom je, že klonovací vektor nesie cudzí fragment DNA do hostiteľskej bunky, zatiaľ čo expresný vektor uľahčuje expresiu génov do proteínov.
Vektor je dôležitým pojmom v molekulárnej biológii. V technológii rekombinantnej DNA je hlavnou úlohou vektora poskytnúť spôsob transportu k užitočnej frakcii DNA, ktorá sa má vložiť do hostiteľskej bunky. Ďalej je to molekula DNA používaná na umelý prenos cudzieho fragmentu DNA do hostiteľskej bunky, ktorá sa má exprimovať alebo replikovať. Najpoužívanejšie vektory sú plazmidy, vírusové vektory, kozmidy a umelé chromozómy. Klonovací vektor a expresný vektor sú dva typy vektorov klasifikovaných na základe ich aplikácií.