Kľúčový rozdiel - YAC vs M13 fágový vektor
Klonovanie DNA je dôležitý proces, ktorý umožňuje množenie dôležitých fragmentov DNA organizmov. Vyžaduje spojenie špecifickej DNA s vektorovou DNA, aby sa vytvorila rekombinantná DNA, ktorá sa transformuje do hostiteľského organizmu. Vektor je molekula DNA, ktorá sa správa ako nosič na prenos cudzieho genetického materiálu do inej bunky alebo organizmu. Mal by byť schopný replikácie vo vnútri hostiteľského organizmu a produkcie viacerých kópií rekombinantnej DNA. Pri klonovaní DNA sa používajú rôzne druhy vektorov. Kvasinkový umelý chromozóm (YAC) a fágový vektor M13 sú dva typy. Kľúčový rozdiel medzi fágovým vektorom YAC a M13 spočíva v tom, že YAC je umelý chromozóm, ktorý sa replikuje v bunkách kvasiniek, zatiaľ čo fágový vektor M13 je jednovláknová kruhová DNA bakteriofága M13, ktorá sa replikuje v bunkách E Coli.
OBSAH
1. Prehľad a hlavný rozdiel
2. Čo je YAC
3. Čo je fágový vektor M13
4. Porovnanie vedľa seba - YAC vs M13 fágový vektor
5. Zhrnutie
Čo je YAC Vector?
YAC je umelo vyrobený chromozóm, ktorý je schopný niesť veľký segment cudzej DNA a replikovať sa v kvasinkových bunkách. Má centroméru, telomeru a autonómne sa replikujúce sekvencie nevyhnutné pre replikáciu a stabilitu. YAC by tiež mal niesť selektívny marker alebo markery a reštrikčné miesta, aby sa stal efektívnym klonovacím vektorom. Veľké sekvencie v rozsahu od 1 000 kb do 2 000 kb môžu byť vložené do YAC a prenesené do kvasiniek.
Obrázok 01: Vektor YAC
Čo je fágový vektor M13?
Bakteriofág M13 je vírus, ktorý infikuje a replikuje sa v E. coli. Genóm bakteriofága M13 má malú veľkosť, približne 6,7 kb. Je to jednovláknová kruhová DNA s pozitívnym zmyslom. Tento vírus špecificky infikuje baktérie E Coli prostredníctvom F pilus. Akonáhle vstúpi do ssDNA do baktérie, syntetizuje svoje komplementárne vlákno a stane sa z nej dsDNA alebo replikatívna forma (RF) M13. RF sa môže v hostiteľskom organizme správať ako plazmid. DsDNA sa replikuje v E Coli a produkuje ssDNA nesúcu nové fágy. Tieto nové fágy sa kontinuálne uvoľňujú z E Coli bez zabitia hostiteľskej bunky. Infekcia však spomaľuje rast E Coli. dsDNA sa môže extrahovať z bakteriálnych buniek a použiť ako vektory pri klonovaní DNA. Sú známe ako fágové vektory M13. Dajú sa ľahko manipulovať a použiť podobne ako plazmidové vektory.
Vrodená schopnosť infekcie týchto fágov M13 slúži ako dobrá kvalifikácia na použitie ako vektora pri klonovaní génov. Pri vývoji M13 na vektor by do jeho genómu malo byť začlenených niekoľko prvkov. Sú to gén pre lac represorový (lac I) proteín, operátorovo-proximálna oblasť lac Z génu, lac promótor a viacnásobné klonovacie miesto (polylinker). Keď sa ako vektory použije dsDNA z M13, môže sa s ňou zaobchádzať ako s plazmidovým vektorom. Avšak použitie ssDNA M13 má výhody pri sekvenovaní DNA a miestne zameranej mutagenéze.
Pretože fágový vektor M13 nesie viac klonovacích miest v lacZ oblasti, rekombinované vektory možno ľahko identifikovať skríningom modro-bielej kolónie na agarových platniach obsahujúcich IPTG a X-Gal. Modré plaky vyrobené na doštičkách neobsahujú rekombinované fágy. Preto môžu byť pre účely klonovania vybrané fágy s inzertmi.
Obrázok 02: Bakteriofág M13
Aký je rozdiel medzi YAC a M13 Phage Vector?
Rozdielny článok v strede pred tabuľkou
Fágový vektor YAC vs M13 |
|
| YAC je geneticky upravený chromozóm, ktorý je schopný niesť veľký segment cudzej DNA a replikovať sa v kvasinkových bunkách. | Fágový vektor M13 je vírusový vektor vyvinutý bakteriofágom M13, ktorý sa používa na inzerciu cudzej DNA do E Coli. |
| Účel | |
| YAC boli navrhnuté na klonovanie veľkých fragmentov genómovej DNA do kvasiniek. | Fágové vektory M13 sa používajú na vloženie cudzej DNA do E Coli. |
| Vložte dĺžku | |
| YAC môžu obsahovať genomové inzerty veľkosti megabázy (1 000 kb - 2 000 kb). | Veľkosť vložiek je asi 1 500 bps. |
| Konštrukcia | |
| YAC DNA je ťažké intaktne purifikovať a vyžaduje vysokú koncentráciu na vytvorenie vektorového systému YAC. | Vyskytuje sa cyklickým fotosyntetickým elektrónovým reťazcom. |
| Stabilita | |
| YAC je nestabilný. | Fágy M13 sa dajú ľahko extrahovať. |
| Veľkosť | |
| Enzýmy sú väčšie molekuly. | Fágy M13 sú stabilné ako YAC. |
Zhrnutie - Fágový vektor YAC vs M13
YAC je umelo skonštruovaný vektorový systém využívajúci špecifickú oblasť kvasinkových chromozómov na vloženie veľkých segmentov genetického materiálu do kvasinkových buniek. Fágový vektor M13 je vektorový systém odvodený z bakteriofágu M13, ktorý ako hostiteľský organizmus používa E. coli. To je hlavný rozdiel medzi YAC a M13 fágovým vektorom. Oba sú rovnako užitočné pri technológii rekombinantnej DNA a klonovaní génov.
