Kľúčový rozdiel medzi teóriou molekulárnych orbitálov a teóriou hybridizácie spočíva v tom, že teória molekulárnych dráh popisuje vznik väzbových a anti-väzbových orbitálov, zatiaľ čo teória hybridizácie popisuje vznik hybridných orbitálov.
Existujú rôzne teórie vyvinuté na určenie elektronických a orbitálnych štruktúr molekúl. Teória VSEPR, teória Lewis, teória valenčných väzieb, teória hybridizácie a teória molekulárnej orbity sú také dôležité teórie. Najprijateľnejšou teóriou medzi nimi je teória molekulárnej orbity.