Kľúčový rozdiel medzi QTL a GWAS závisí od typu sekvencií použitých v analýze. QTL využíva väzbové génové lokusy na analýzu fenotypových znakov spojených s polygénnou dedičnosťou, zatiaľ čo GWAS používa celé genómové sekvencie na analýzu jednonukleotidových polymorfizmov konkrétneho stavu.
Mapy QTL a GWAS hrajú dôležitú úlohu v genetických analýzach pre rôzne znaky. Ďalej sú dôležité pri analýze rôznych chorobných stavov s neznámou etiológiou. Okrem toho v obidvoch technikách zohráva kľúčovú úlohu sekvenovanie. Tieto techniky môžu byť ďalej spojené s inými vysoko výkonnými technikami na zvýšenie presnosti a presnosti.
