Kľúčový rozdiel medzi kotransportom a protiprenosom spočíva v tom, že kotransport je forma sekundárneho aktívneho transportu, ktorý prenáša dva typy molekúl súčasne cez plazmatickú membránu rovnakým smerom alebo opačným smerom. Na druhej strane, protiotransport je jednou z dvoch foriem kotransportu, ktorý transportuje dva typy molekúl súčasne opačným smerom cez bunkovú membránu.
Molekuly vstupujú a vystupujú cez selektívnu plazmatickú membránu bunky. Existuje niekoľko typov proteínov prenášajúcich membránu. Cotransport a countertransport sú dva typy sekundárnej aktívnej dopravy. Kotransport transportuje dva rôzne typy molekúl súčasne spriahnutým pohybom, zatiaľ čo kontrotransport alebo výmena je typ kotransportu, ktorý transportuje dva typy molekúl v opačnom smere cez membránu.
