Kľúčový rozdiel medzi esterom a éterom je ten, že funkčná skupina esteru je –CO, zatiaľ čo funkčná skupina éteru je –O–.
Ester a éter sú organické molekuly s atómami kyslíka. Estery majú skupinu –CO. Jeden atóm kyslíka je tu viazaný na uhlík dvojitou väzbou a druhý kyslík je viazaný jednoduchou väzbou. Pretože s atómom uhlíka sa spájajú iba tri atómy, má okolo seba trigonálnu plošnú geometriu. Ďalej, atóm uhlíka, je sp 2 hybridizovány. Ester je navyše derivátom karboxylovej kyseliny. Na druhej strane éter má atóm kyslíka s dvoma jednoduchými väzbami s dvoma alkylovými alebo arylovými skupinami. Atóm kyslíka má tiež dva samostatné elektrónové páry.
