Kľúčovým rozdielom medzi endotoxínom a exotoxínom je, že endotoxínom je lipopolysacharid, ktorý leží vo vnútri bakteriálnej bunkovej steny, zatiaľ čo exotoxín je proteín, ktorý sa vylučuje z vonkajšej strany bakteriálnej bunky.
Toxigenéza je proces výroby toxínov patogénnymi baktériami. Je to jeden z hlavných mechanizmov, ktoré baktérie používajú na vyvolanie chorôb. Existujú dva typy bakteriálnych toxínov ako endotoxíny a exotoxíny. Medzi endotoxínom a exotoxínom je rozdiel štrukturálne aj chemicky. Ďalej pôsobia odlišne na živé organizmy. Endotoxíny sú vo všeobecnosti lipopolysacharidy, zatiaľ čo exotoxíny sú proteíny.
