Kľúčový rozdiel medzi alogénnou a autológnou transplantáciou závisí od zdroja kmeňových buniek na transplantáciu. Alogénna transplantácia využíva nové kmeňové bunky od iného darcu, zatiaľ čo autológna transplantácia využíva vlastné kmeňové bunky pacienta.
Kmeňové bunky sú nediferencované bunky, ktoré sa môžu deliť a diferencovať na rôzne iné typy buniek. V dôsledku toho majú tieto bunky schopnosť samoobnovy. Preto sú základom pre naše orgány a tkanivá. Ďalej pôsobia ako opravný systém nášho tela. Pretože kmeňové bunky sú schopné produkovať viac dcérskych buniek rovnakého typu alebo sa diferencovať na špecifické typy buniek, používajú sa pri terapii kmeňovými bunkami na nahradenie nefunkčných alebo chorých tkanív zdravými tkanivami. Terapia kmeňovými bunkami môže byť buď alogénna alebo autológna. Závisí to od nových kmeňových buniek použitých na náhradu tkaniva pri transplantácii. Ak sú pri liečbe kmeňovými bunkami použité vlastné kmeňové bunky, sú známe ako autológne transplantáty. Ak však pochádza od iného darcu, nazýva sa to alogénna transplantácia.
