Kľúčový rozdiel medzi epistatickým génom a hypostatickým génom je ten, že epistatický gén je gén, ktorý ovplyvňuje expresiu iného génu na inom mieste, zatiaľ čo hypostatický gén je gén, ktorý podlieha interferencii epistatického génu.
Určité gény závisia od svojej expresie od iných alelických génov. Epistáza je forma génovej interakcie, pri ktorej jeden gén interferuje alebo maskuje expresiu iného génu umiestneného na inom mieste. Ide teda o druh nealelickej génovej interakcie. Pri tejto špeciálnej génovej interakcii interagujú dva gény, ktorými sú epistatický gén a hypostatický gén. Podľa toho je gén maskujúci expresiu iného génu známy ako epistatický gén, zatiaľ čo gén, ktorého expresia je ovplyvnená, je známy ako hypostatický gén.
