Kľúčový rozdiel medzi prokaryotickým a eukaryotickým genómom je v tom, že prokaryotický genóm je prítomný v cytoplazme, zatiaľ čo eukaryotický genóm sa obmedzuje na jadro.
Genóm označuje celú zbierku DNA organizmu. Inými slovami, genóm je genetický materiál organizmu, ktorý obsahuje celkovú genetickú informáciu. Väčšina organizmu má genóm vyrobený z DNA. Niektoré genómy sú však založené na RNA. Napríklad niektoré vírusy majú RNA genómy. Keď sa vezme do úvahy celkový genetický materiál organizmu, nezahŕňa to len gény alebo kódujúce sekvencie. Zahŕňa gény aj nekódujúce sekvencie DNA.
Pretože genetická informácia spočíva v genóme vo forme génov, prechádzajú gény transkripciou a transláciou za účelom produkcie proteínov. Existuje rozdiel medzi prokaryotickými a eukaryotickými procesmi expresie genómu. Skladovanie a replikácia oboch genómov sú navyše medzi prokaryotmi a eukaryotmi tiež odlišné. Ale štruktúra DNA zostáva v obidvoch organizmoch rovnaká (Double Helix). Hlavný rozdiel medzi prokaryotickým a eukaryotickým genómom spočíva v bunkovej organizácii organizmov a v mieste, kde sa genóm nachádza.
