Kľúčový rozdiel medzi glukogénnymi a ketogénnymi aminokyselinami spočíva v tom, že glukogénne aminokyseliny produkujú počas katabolizmu pyruvát alebo akékoľvek iné prekurzory glukózy, zatiaľ čo ketogénne aminokyseliny produkujú počas svojho katabolizmu acetyl CoA a acetoacetyl CoA.
Aminokyseliny sú základné molekuly, ktoré tvoria chemickú štruktúru bielkovín a polypeptidov. Aj keď existujú rôzne klasifikácie aminokyselín, môžeme ich klasifikovať ako glukogénne a ketogénne aminokyseliny v závislosti od medziproduktov, ktoré tvoria počas svojho katabolizmu. Ako bolo uvedené vyššie, konečný produkt katabolizmu aminokyselín poskytuje dva typy medziproduktov; buď pyruvát (alebo iné prekurzory glukózy) alebo acetyl CoA a acetoacetyl CoA.
