Kľúčový rozdiel medzi BCAA a aminokyselinami je v tom, že BCAA je aminokyselina s rozvetveným reťazcom, ktorá má alifatické bočné reťazce s vetvou, zatiaľ čo aminokyselinami sú organické zlúčeniny obsahujúce amínové skupiny, karboxylové skupiny a špecifický bočný reťazec.
Aminokyseliny sú stavebnou jednotkou bielkovín. Bočná skupina (R) aminokyseliny určuje vlastnosti aminokyseliny. Preto je táto vedľajšia skupina špecifická pre aminokyseliny. Inými slovami, rôzne aminokyseliny majú rôzne vedľajšie skupiny. Avšak BCAA majú ďalšiu jedinečnosť; centrálny atóm uhlíka viazaný na tri alebo viac atómov uhlíka.
