Kľúčový rozdiel medzi substrátom a aktívnym miestom je v tom, že substrát je chemická zlúčenina, ktorá môže prejsť chemickou reakciou, zatiaľ čo aktívne miesto je špecifická oblasť na enzýme.
Enzýmy sú biologické katalyzátory. Jedná sa o proteíny, ktoré môžu znižovať aktivačnú energiu chemickej reakcie s cieľom znížiť energetickú bariéru tejto reakcie. Môže teda zvýšiť rýchlosť reakcie. Reaktant reakcie, do ktorej sú zapojené enzýmy, je „substrát“. Tento substrát sa viaže s aktívnym miestom enzýmu. Tam prebiehajú reakcie. Nakoniec uvoľní produkty reakcie.