Kľúčový rozdiel - Nick Translation vs Primer Extension
Nickova translácia a rozšírenie priméru sú dve dôležité techniky uskutočňované v molekulárnej biológii. Kľúčový rozdiel medzi transláciou nicku a rozšírením priméru je ten, že proces translácie nicku produkuje značené sondy pre ďalšie hybridizačné techniky, zatiaľ čo metóda rozšírenia primeru identifikuje konkrétnu sekvenciu RNA zo zmesi a odhalí informácie o expresii mRNA. Obe techniky majú veľký význam a bežne sa vykonávajú v laboratóriách molekulárneho výskumu.
OBSAH
1. Prehľad a hlavný rozdiel
2. Čo je to Nick Translation
3. Čo je rozšírenie Primer
4. Porovnanie vedľa seba - Nick Translation vs Primer Extension
5. Zhrnutie
Čo je to Nick Translation?
Nickova translácia je dôležitá technika používaná na prípravu značených sond pre rôzne molekulárno-biologické techniky, ako je blotovanie, in situ hybridizácia, fluorescenčná in situ hybridizácia atď. Je to metóda označovania DNA in vitro. DNA sondy sa používajú na identifikáciu špecifických sekvencií DNA alebo RNA. Pomocou značenej sondy je možné označiť alebo vizualizovať špecifické fragmenty z komplexnej zmesi nukleovej kyseliny. Značené sondy sa preto pripravujú pomocou rôznych techník, ktoré sa majú použiť pre rôzne techniky. Nick translation je jednou z metód, ktorá produkuje označené sondy pomocou enzýmov DNáza 1 a DNA polymeráza 1.
Proces translácie nicku začína aktivitou enzýmu DNáza 1. DNáza 1 zavádza zárezy do fosfátovej kostry dvojvláknovej DNA štiepením fosfodiesterových väzieb medzi nukleotidmi. Len čo sa vytvorí nick, získa sa voľná 3 'OH skupina nukleotidu a bude na ňu pôsobiť enzým DNA polymeráza 1. 5 'až 3' exonukleázová aktivita DNA polymerázy 1 odstraňuje nukleotidy z nicku smerom k 3 'smeru vlákna DNA. Súčasne funguje polymerázová aktivita enzýmu DNA polymerázy 1 a pridáva nukleotidy, ktoré nahradia odstránené nukleotidy. Pokiaľ boli nukleotidy označené, dôjde k zámene za označené nukleotidy a tá označí DNA na identifikáciu. Táto novo syntetizovaná značená DNA sa môže použiť ako sonda v rôznych hybridizačných reakciách v molekulárnej biológii.
Obrázok 01: Proces prekladu nicku
Čo je rozšírenie primeru?
Predĺženie priméru je technika, ktorá sa používa na nájdenie špecifickej sekvencie RNA zo zmesi RNA a na lokalizáciu 5 'konca mRNA transkriptu. Používa sa tiež na štúdium štruktúry RNA a expresie. Metóda predlžovania primérov sa uskutočňuje so značenými primérmi alebo so značenými nukleotidmi. Ak sa použijú označené priméry, vylučuje to potrebu značenia nukleotidov, ktoré sa používajú na syntézu cDNA. V tejto technike je niekoľko krokov. Začína sa to extrakciou RNA zo vzorky. Potom sa k zmesi pridá označený oligonukleotidový primer spolu s potrebnými zložkami na syntézu cDNA špecifickej sekvencie RNA. Primer žíha s komplementárnou sekvenciou zo zmesi. Použitím primérovo žíhanej sekvencie ako šablóny,enzým reverzná transkriptáza syntetizuje komplementárnu DNA (cDNA) sekvencie RNA. K hybridizácii primeru a reverznej transkripcii dochádza iba vtedy, keď je vo vzorke prítomná špecifická sekvencia RNA. Nakoniec, keď sa uskutoční denaturačná gélová elektroforéza, možno určiť veľkosť sekvencie RNA. Je tiež ľahké nájsť +1 bázu sekvencie mRNA (miesto začatia transkripcie) metódou predlžovania primerov. Množstvo mRNA prítomné vo vzorke je možné kvantifikovať touto metódou, ak sa použije nadbytok priméru. Je tiež ľahké nájsť +1 bázu sekvencie mRNA (miesto začatia transkripcie) metódou predlžovania primerov. Množstvo mRNA prítomné vo vzorke je možné kvantifikovať touto metódou, ak sa použije nadbytok priméru. Je tiež ľahké nájsť +1 bázu sekvencie mRNA (miesto začatia transkripcie) metódou predlžovania primerov. Množstvo mRNA prítomné vo vzorke je možné kvantifikovať touto metódou, ak sa použije nadbytok priméru.
Obrázok 02: Predĺženie primeru
Aký je rozdiel medzi Nick Translation a Primer Extension?
Rozdielny článok v strede pred tabuľkou
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Nick translation je proces, pri ktorom sa vytvárajú označené sondy DNA pre rôzne hybridizačné reakcie. | Predĺženie priméru je technika používaná na nájdenie špecifickej RNA alebo na štúdium génovej expresie. |
| Použité enzýmy | |
| Používajú sa enzýmy DNáza 1 a DNA polymeráza. | Používa sa enzým reverznej transkriptázy. |
| Dôležitosť | |
| Nickový preklad uľahčuje označovanie špecifickej sekvencie DNA. | Predĺženie primeru umožňuje detekciu špecifickej veľkosti sekvencie mRNA a množstva prítomného vo vzorke. |
Zhrnutie - Nick Translation vs Primer Extension
Nick translation je metóda používaná na syntézu značených sond na základe aktivít enzýmov DNázy 1 a E coli DNA polymerázy 1. Je to metóda in vitro používaná v laboratóriách pred rôznymi hybridizačnými technikami. Počas translácie nicku 5'-3 'exonukleázová aktivita DNA polymerázy 1 odstraňuje nukleotidy pred nickom a polymerázová aktivita DNA polymerázy 1 nahrádza odstránené nukleotidy značenými nukleotidmi za nickom. Predĺženie primeru je metóda, ktorá sa používa na detekciu špecifického transkriptu RNA zo zmesi a na kvantifikáciu veľkosti a množstva požadovanej RNA. To je rozdiel medzi prekladom nickov a rozšírením primeru.
