Rozdiel Medzi Tupým A Lepivým Koncom Ligácie

2024 Autor: Mildred Bawerman | [email protected]. Naposledy zmenené: 2023-12-16 08:42

Kľúčový rozdiel - ligácia tupých vs lepkavých koncov

Restrikčné endonukleázy sú špecifické enzýmy, ktoré štiepia dvojvláknovú DNA (dsDNA). V molekulárnej biológii sú tiež známe ako molekulárne nožnice. Reštrikčné enzýmy sú schopné rozpoznávať špecifické krátke sekvencie dsDNA známe ako rozpoznávacie miesta a štiepia fosfodiesterové a vodíkové väzby za účelom otvorenia dvojvlákien. V dôsledku štiepenia týmito enzýmami sa vytvárajú fragmenty DNA s rôznymi typmi koncov, ako sú napríklad lepivé konce a tupé konce. DNA ligáza je enzým používaný v molekulárnej biológii na spojenie dvoch susedných reťazcov DNA tvorbou nových väzieb. Tento krok je známy ako ligácia a podľa typu ligovaného konca DNA sa môžu označovať ako ligácia tupého konca a ligácia lepivého konca. Kľúčovým rozdielom medzi ligáciou tupých a lepivých koncov je to, že ligácia tupých koncov nastáva medzi fragmentmi DNA, ktoré obsahujú dva tupé konce, zatiaľ čo ligácia lepivých koncov sa vyskytuje medzi 5 'a 3' prevismi. V porovnaní s tupou ligáciou je lepkavá ligácia účinnejšia a stabilnejšia.

OBSAH

1. Prehľad a kľúčový rozdiel

2. Aká je Blunt End Väzba

3. Aký je Sticky End Väzba

4. Side by Side porovnanie - Blunt vs Sticky End Ligation

5. Zhrnutie

Čo je to ligácia s tupým koncom?

Niektoré reštrikčné endonukleázy môžu štiepiť DNA na opačných bázach a produkovať fragmenty DNA s tupým koncom. Tieto enzýmy sú známe ako rezače tupých koncov; štiepia sa priamo dole do stredu reštrikčného miesta bez toho, aby zanechali jednovláknové previsnuté bázy. Tupé konce sú tiež známe ako neprečnievajúce konce, pretože na koncoch nemajú 3 'a 5' prečnievajúce podstavce. Oba pramene končia od párov báz tupými koncami. Bežné enzýmy na rezanie tupých koncov sú EcoRV HaeIII, Alul a Smal.

Medzi dvoma tupými koncami je zahrnutá ligácia tupých koncov. Nejde o ligáciu vyčnievajúcich základní. Táto ligácia je menej efektívna ako ligácia s lepiacim koncom. Avšak v niektorých prípadoch sa ligácia tupých koncov stáva výhodnejšou než ligácia lepivých koncov, najmä pri ligácii produktov PCR. Produkty PCR sa vždy vyrábajú s tupými koncami. Ligácia na tupých koncoch nevyžaduje na ligáciu komplementárne konce v DNA.

Obrázok 01: Produkcia tupého konca pomocou enzýmu Eco RV

Čo je lepkavá koncová ligácia?

Niektoré reštrikčné endonukleázy sú schopné štiepiť dsDNA a na konci ponechať previsnutý kúsok jednovláknovej DNA. Tieto konce sú známe ako lepivé alebo previsnuté konce. K ligácii lepivých koncov dochádza medzi dvoma fragmentmi DNA, ktoré obsahujú zodpovedajúce previsy, pretože lepivé konce majú nepárové bázy a na vytvorenie väzieb sú potrebné komplementárne bázy. Preto je potrebné použiť rovnaký reštrikčný enzým pre oba zdroje DNA na výrobu zodpovedajúcich ligačných fragmentov.

Ligácia lepkavým koncom je účinnejšia a pri klonovacích procesoch je často veľmi žiaduca. Existuje niekoľko reštrikčných enzýmov, ktoré produkujú lepivé konce. Sú to EcoRI, BamHI, HindIII atď.

Obrázok 02: Produkcia lepivého konca enzýmom Eco RI

Aký je rozdiel medzi Blunt a Sticky End Ligation?

Rozdielny článok v strede pred tabuľkou

Blunt vs ligotavý koniec
K ligácii na tupom konci dochádza medzi dvoma fragmentmi DNA na tupom konci.	K ligácii lepivých koncov dochádza medzi dvoma zodpovedajúcimi fragmentmi DNA s lepivými koncami.
Enzýmy
Frézy na tupé konce vytvárajú tupé konce.	Lepiace konce nožov vytvárajú lepivé alebo súdržné konce.
Požiadavka zhody končí
Nevyžaduje zodpovedajúce fragmenty alebo komplementárne bázy.	Vyžaduje doplnkové bázy na koncoch, aby sa vytvorili páry báz.
Účinnosť
Je to menej efektívne ako ligácia lepkavými koncami	Je to efektívnejšie ako ligácia s tupým koncom.

Zhrnutie - ligácia Blunt vs Sticky End Ligation

Restrikčné endonukleázy sú schopné štiepiť dsDNA a produkovať fragmenty DNA s rôznymi koncami. Rozoznávajú špecifické sekvencie a obmedzujú DNA tak, že vytvárajú lepkavé a tupé konce. Lepivé konce majú na konci úlomkov nespárené základne. Tupé konce sú tvorené priamym štiepením a na koncoch majú páry báz. Ligácia s lepiacim koncom vyžaduje dva doplnkové jednovláknové kúsky DNA. K ligácii tupého konca dochádza medzi akýmikoľvek dvoma fragmentmi tupého konca. To je rozdiel medzi tupou a lepkavou ligáciou.