Kľúčový rozdiel medzi chromatofokusáciou a izoelektrickou fokusáciou spočíva v tom, že chromatofokusácia je typom metódy stĺpcovej chromatografie, pri ktorej sa používajú iónomeničové živice, zatiaľ čo izoelektrická fokusácia je typom elektroforetickej techniky, pri ktorej sa používajú imobilizované gély s gradientom pH.
Chromatofokusácia a izoelektrická fokusácia sú dve techniky, ktoré separujú proteíny podľa ich izoelektrických bodov. Chromatofokusácia aj izoelektrické zaostrovanie majú veľkú rozlišovaciu schopnosť. Chromatofokusácia je metóda stĺpcovej chromatografie s vysokým rozlíšením, zatiaľ čo izoelektrická fokusácia je metódou elektroforetickej separácie. Chromatofokusácia navyše nepoužíva elektrické pole, zatiaľ čo izoelektrické zaostrovanie potrebuje elektrické pole.
