Kľúčový rozdiel medzi gametofytickou a sporofytickou samoinkompatibilitou je ten, že v systéme gametofytickej autoinkompatibility je peľový fenotyp určený jeho gametofytickým haploidným genotypom, zatiaľ čo pri sporofytickej samoinkompatibilite je peľový fenotyp určený diploidným genotypom rastliny.
Samoinkompatibilita je mechanizmom regulácie opelenia rastlín. Primárne zabraňuje samoopeleniu a presadzuje krížové opeľovanie, čo je evolučne výhodné. K vlastnej nekompatibilite dochádza v dôsledku negatívnych chemických interakcií medzi peľom a tkanivom štýlu v tej istej alele. Aj keď sú pele a piestiky životaschopné a plodné, klíčenie peľu v týchto rastlinách neprebieha. Ak nedôjde k klíčeniu peľu, nemôže sa vytvoriť peľová trubica. Potom peľ nedokáže dodať mužské gaméty do ženských gamét na oplodnenie. Vďaka tomu nemôžu produkovať semená.
Existujú dva hlavné systémy samostatnej nekompatibility: gametofytická nekompatibilita a sporofytická nekompatibilita. Sú to systémy samostatnej nekompatibility jedného lokusu, ktoré sú založené na jednom viacallelickom mieste (S). Toto miesto sa skladá z jedného génu S exprimujúceho piestik a jedného S génu exprimujúceho peľ.
