Kľúčovým rozdielom medzi protomérmi a kapsomérmi je, že protoméry sú štruktúrne jednotky oligomérnych proteínov, zatiaľ čo kapsoméry sú jednotlivé proteíny zložené z protomérov, ktoré sú štruktúrnymi podjednotkami vírusovej kapsidy.
Vírus je intracelulárny obligátny parazit, ktorý je infekčnou časticou. Kapsida je jednou z dvoch hlavných zložiek vírusovej častice. Je to bielkovinový obal, ktorý obklopuje a chráni vírusový genóm. Kapsida obsahuje protoméry, ktoré sú štruktúrnymi jednotkami oligomérnych proteínov. Capsomere je štruktúrna podjednotka vírusového kapsidu a je agregáciou niekoľkých protomérov ako jednotka. Protoméry sa teda samy zhromažďujú za vzniku kapsoméru a kapsoméry sa samy zhromažďujú za vzniku kapsidy.
