Kľúčový rozdiel medzi protostómami a deuterostómami je v tom, že v protostómoch sa blastopór stáva ústami, zatiaľ čo v deuterostómoch sa stáva konečníkom. Ďalším hlavným rozdielom je, že embryá protostómov prechádzajú špirálovitým štiepením, zatiaľ čo embryá deuterostómov prechádzajú radiálnym štiepením.
Pri porozumení týchto dvoch pojmov by bolo dôležité venovať pozornosť tomu, ako prebieha embryonálny vývoj organizmov. Bolo by obzvlášť dôležité uvažovať o zvieratách s coelomom, čo je tekutinou naplnená dutina ležiaca medzi endodermom (črevo) a mezodermom (väčšinou svalová vrstva); inými slovami, coelom je pobrušnica u cicavcov. Protostómy a deuterostómy sú dva hlavné typy coelomátových zvierat a je medzi nimi veľa rozdielov. Primárne sa líšia spôsobom, akým sa počas embryonálneho vývoja tvoria ich ústa a konečník.
