Kľúčovým rozdielom medzi alogamiou a autogamiou je, že alogamia je fúzia mužských a ženských gamét, ktoré pochádzajú od dvoch rôznych jedincov, zatiaľ čo autogamia je fúzia mužských a ženských gamét toho istého jedinca. Ďalším rozdielom medzi alogamiou a autogamiou, pokiaľ ide o produkovaného potomka, je to, že alogamia produkuje geneticky odlišné potomstvo, zatiaľ čo autogamia produkuje geneticky identického potomka.
Fúzia mužskej pohlavnej bunky so ženskou pohlavnou sústavou je oplodnenie. Zygota sa vyvíja v dôsledku oplodnenia a potom prechádza bunkovým delením, aby vyprodukovala nového potomka. Ďalej môže byť hnojenie dva typy; samooplodnenie alebo krížové hnojenie. Allogamia je synonymom pre vzájomné oplodnenie a autogamia je synonymom pre sebaoplodnenie.
