Kľúčovým rozdielom medzi genotoxicitou a mutagenitou je, že genotoxicitou je schopnosť látky spôsobiť toxicitu na DNA / genetickom materiáli bunky, zatiaľ čo mutagenicitou je schopnosť látky spôsobiť mutácie.
Genotoxicita a mutagenita sú dva podobné výrazy, ktoré ľudia často nesprávne interpretujú a zamieňajú. Genotoxicita je toxický účinok vyvolaný chemickou látkou alebo činidlom na gény alebo DNA bunky. Chemická látka, ktorá má genotoxický účinok, je teda genotoxín. Mutagenita je naopak schopnosť látky spôsobiť alebo vyvolať mutácie. Genotoxická chemikália nemusí byť nevyhnutne mutagénnou látkou. Môžu to byť mutagény. Všetky mutagénne látky sú však genotoxické, pretože majú vlastnosť ničenia genetického materiálu bunky.